Menurut persetujuan KMB (baca kembali artikel: Sejarah Konferensi Meja Bundar (KMB)), status Irian Barat akan dibicarakan setahun setelah pengakuan kedaulatan. Tetapi ternyata telah bertahun-tahun Belanda tidak bersedia berunding tentang masalah Irian Barat. Bahkan Belanda telah mempersiapkan berdirinya ”Negara Papua”.
Oleh karena itu, tidak ada jalan lain bagi Indonesia, selain merebut kembali Irian Barat dengan jalan konfrontasi militer. Maka pemerintah pun mengadakan persiapan-persiapan. Untuk menandingi rencana Belanda mendirikan ”Negara Papua”, dibentuklah Propinsi Irian Barat. Untuk sementara Propinsi Irian Barat beribu kota di Soasio, Tidore (Maluku).
Pada tanggal 19 Desember 1961, Presiden Sukarno mengumumkan Tri Komando Rakyat (Trikora) di Yogyakarta. Isinya sebagai berikut:
- Gagalkan pembentukan Negara Boneka Papua buatan Belanda Kolonial.
- Kibarkan Sang Merah Putih di Irian Barat, tanah air Indonesia.
- Bersiaplah untuk mobilisasi umum mempertahankan kemerdekaan dan kesatuan Tanah Air dan Bangsa.
Kemudian dibentuklah Komando Mandala Pembebasan Irian Barat. Sebagai Panglima Mandala ditunjuklah Mayor Jenderal Suharto (Presiden RI sekarang). Komando Mandala bermarkas besar di Makasar (Ujungpandang). Dari Komando Mandala inilah dilancarkan operasi operasi militer. Antara lain yang terkenal ialah ”Operasi Jayawijaya”.
Dengan operasi Jayawijaya ini dikerahkan militer secara besar-besaran dari kesatuan-kesatuan Angkatan Darat, Angkatan Laut, Angkatan Udara, Kepolisian (Brimob), dan sukarelawan. Mereka siap dengan persenjataan lengkap, termasuk 120 buah kapal perang dan 32 pesawat pembom.
Salah satu pertempuran untuk merebut Irian Barat terjadi di Laut Aru. Dalam pertempuran itu kapal RI ”Motor Torpedo Boat Macan Tutul” (MTB Macan Tutul) tenggelam. Komodor Yos Sudarso, Kapten Laut Wiratno, dan beberapa orang awak kapal ikut tenggelam. Mereka gugur sebagai kusuma bangsa.
Sementara itu, pasukan-pasukan TNI dan para sukarelawan mulai didaratkan di Irian Barat. Pendaratan itu dilakukan oleh pasukan-pasukan penerjun.
Persiapan Indonesia yang cukup matang dan pendaratan pasukan TNI di Irian Barat diketahui oleh dunia internasional. Beberapa negara merasa khawatir bila terjadi perang besar antara Indonesia dan Belanda. Kemudian seorang diplomat Amerika Serikat bernama Ellsworth Bunker mengusulkan suatu rencana penyelesaian masalah Irian Barat. Rencana tersebut kemudian terkenal dengan nama Rencana Bunker.
Adapun pokok-pokok isinya sebagai berikut:
- Belanda menyerahkan Irian Barat kepada Indonesia dengan melalui suatu Badan Pemerintahan PBB atau United Nations Temporary Executive Authority (UNTEA).
- Akan diadakan Penentuan Pendapat Rakyat (Pepera) Irian Barat secara pemilihan (act of free choice).
Rencana Bunker itu dapat diterima oleh kedua belah pihak. Maka atas dasar Rencana Bunker itu, pada tanggal 15 Agustus 1962 Indonesia dan Belanda menandatangani Persetujuan New York.
Kemudian pada tanggal 1 Oktober 1962, Irian Barat diserahkan oleh Belanda kepada Badan Pemerintahan PBB (UNTEA). Dan pada tanggal 1 Mei 1963, PBB menyerahkan Irian Barat kepada Indonesia.
Sesuai dengan Persetujuan New York, maka pada bulan Juli sampai Agustus 1969 diadakan Pepera di Irian Barat. Bagaimana hasilnya? Rakyat Irian Barat menginginkan agar wilayah di ujung timur Kepulauan Nusantara itu tetap menjadi bagian dari Negara Kesatuan RI. Dengan demikian, Republik Proklamasi berhasil mempertahankan keutuhan wilayahnya. Baca juga artikel sebelumnya: Dekrit Presiden 5 Juli 1959 Masa Demokrasi Terpimpin
